マウスの座標を得るには「mouseX」や「mouseY」を使い、
ムービークリップの左上を基準(0,0)とした、マウス座標を得るには
「mc.mouseX」「mc.mouseY」のようにすれば、ムービークリップから見た
マウスのローカル座標が得られます。

しかし、ムービークリップの height や scaleX などを書き換えて変形した場合、
マウスのローカル座標が実際のピクセルと異なって取得されてしまいます。
例えば二倍に拡大した場合、実際の 1 ピクセルは 0.5 ピクセルとなります。

mc_box.scaleX = 2;

stage.addEventListener(MouseEvent.MOUSE_MOVE, function(){
  trace(mc_box.mouseX);
});

このズレを解消するには、元のムービークリップからの拡大率をマウス座標に掛けます。

trace(mc_box.mouseX * mc_box.scaleX);

もし他に根本的な解決策があればコメントよろしくお願いします。

ボタンを押すたびにオブジェクトがステージに追加され、
それぞれをドラッグ＆ドロップで移動できるプログラムを
ActionScript 3.0 でやってみました。

import flash.display.MovieClip;

var myObjects:Array = new Array();
var index:int = 0;

mc_button.addEventListener(MouseEvent.CLICK, dispense);

function dispense(event:MouseEvent){
	myObjects[index] = new box();
	myObjects[index].num = index;
	stage.addChild(myObjects[index]);
	myObjects[index].buttonMode = true;
	myObjects[index].addEventListener(MouseEvent.MOUSE_DOWN, clipStartDrag);
	myObjects[index].addEventListener(MouseEvent.MOUSE_UP, clipStopDrag);
	index++;
}

function clipStartDrag(event:MouseEvent):void{
	var target:MovieClip = MovieClip(event.currentTarget);
	target.startDrag();
}

function clipStopDrag(event:MouseEvent):void{
	var target:MovieClip = MovieClip(event.currentTarget);
	target.stopDrag();
}

ボタン「mc_button」を押すとライブラリから「box」が追加されます。
一応狙った動作は実現できていますが不慣れなので正しいかどうかは不明です。

普段 PHP をやっていると型を意識するのが難しいですね。