配列の中から true で無いものを取り除くには第 2 引数を省略した array_filter() を使えばできます。
ただし、数値の 0 まで消されてしまったりするので、条件を細かく指定する場合、無名関数を作るとコンパクトに収まります。

<?php
$arr = array('test', '', false, array(), 0, null, 'sample');
$arr = array_filter($arr, function($value) {return (!empty($value) || $value === 0);} );

結果

Array ( [0] => test [4] => 0 [6] => sample ) 

PHP 5.3 から無名関数（クロージャ）が使えるようになりましたが、それより古い場合は create_function() を使えば同様の処理ができます。

$arr = array_filter($arr, create_function('$value', 'return (!empty($value) || $value === 0);') );

要素が取り除かれても添字は保持されているので、再度詰めて振り直すには array_merge($arr) を使います。
この場合添字が文字列の場合保持され、数値の場合は振り直されます。
連想配列を無視して振り直す場合は array_values() でも可能です。

配列変数の内容を確認するために var_dump() や print_r() は便利ですが、cron で動作させるプログラムが正常に動作しているか調べたいときなど、ブラウザ上に表示して確認できないことは多いと思います。

var_dump() などの内容をファイルとして保存する場合、ob_start() を使って出力のバッファリングをすると簡単に出来ます。

<?php
$arr = array('test', 'sample');

ob_start();
var_dump($arr);
$out = ob_get_contents();
ob_end_clean();

file_put_contents("sample.txt", $out);

ob_start() と ob_end_clean() で挟まれた部分は画面上には出力されず、バッファに格納されます。
その内容を取り出すには ob_get_contents() を使います。

改行コードは通常「LF（\n）」「CR（\r）」「CR+LF（\r\n）」などが有り、「\n」だけを置換すると「\r」が残ってしまう場合があります。

preg_replace や preg_split などで改行を扱う場合は大文字の「\R」を使うと3種類の改行コードをまとめて指定出来ます。

<?php
$res = preg_split("/\R/", "sample\nsample\rsample\r\nsample");
print_r($res);

Array ( [0] => sample [1] => sample [2] => sample [3] => sample )